免税事業者のままでも取引はできます。ただし、あなたが適格請求書（インボイス）を出せないと、課税事業者の取引先は 仕入税額控除を全額は受けられません。控除できる割合は段階的に下がり、令和8年10月1日からは70%です。 取引先の種類ごとの影響と、登録した場合の負担（2割特例・3割特例）をまとめました。
税込11万円の請求（消費税額1万円）を例に、取引先が控除できない消費税額を計算しました。
| 期間 | 控除できる割合 | 取引先が控除できない額 |
|---|---|---|
| 令和5年10月1日〜令和8年9月30日 | 80% | 2,000円 |
| 令和8年10月1日〜令和10年9月30日 | 70% | 3,000円 |
| 令和10年10月1日〜令和12年9月30日 | 50% | 5,000円 |
| 令和12年10月1日〜令和13年9月30日 | 30% | 7,000円 |
| 令和13年10月1日以降 | 0% | 10,000円 |
※令和8年度税制改正で、経過措置の適用期限が2年延長され、割合が見直されました（改正前は令和8年10月から3年間50%の予定でした）。 令和8年10月1日以後に開始する課税期間から、一の免税事業者等からの課税仕入れが年1億円（改正前10億円）を超える部分には適用できません。 控除できない額は、取引先が余分に納める消費税額にあたります。
消費税の仕入税額控除は、事業者が納める消費税額を「受け取った消費税額−支払った消費税額」で計算する仕組みの中で使われます。
| 取引先 | 登録しない場合 | 登録の必要性 |
|---|---|---|
| 一般消費者（個人のお客さん） | 消費者は消費税を納める側ではなく、控除の仕組みの外です | 低い |
| 免税事業者・納税義務がない取引先 | 納める消費税がないので、控除で減らす場面がありません | 低い |
| 簡易課税・2割特例・3割特例を使う課税事業者 | インボイスの保存なしで控除を受けられます（国税庁） | 取引先に確認 |
| 一般課税の課税事業者 | 控除できる割合が段階的に下がり、取引先の納税が増えます | 検討する場面 |
登録するかどうかの判断は、売上の中で一般課税の課税事業者向けがどれだけあるかで変わります。取引先が一般課税か簡易課税か、 2割特例・3割特例を使うかは、あなたの側からは分かりません。取引先に確認して、取引先ごとに整理する必要があります。
年間の売上が500万円（税抜・すべて10%課税）の個人事業者なら、売上税額は50万円です。2割特例なら納付は10万円、3割特例なら15万円です。 経費にかかった消費税を積み上げる計算は要りません。
売上別の2割特例・3割特例・簡易課税・原則課税の比較は個人事業主の消費税はいくらからで見られます。
インボイスを理由に、取引先が価格や取引条件の見直しを求めてくる場面があります。公正取引委員会は、免税事業者と取引先との間で 起こり得る、独占禁止法・取適法・フリーランス・事業者間取引適正化等法上問題となり得る行為の考え方を、 Q&A、相談事例、注意事例、動画で示しています。応じる前に、これらで自分の場合を確認できます。
登録は、適格請求書発行事業者になるために登録申請書を出すものです（国税庁 No.6498）。出さなければ登録事業者にならないだけで、取引そのものができなくなるという記載は原文にありません。ただし、適格請求書は登録を受けた事業者でなければ交付できないため、取引先が課税事業者の場合は、取引先の仕入税額控除に影響します。
取得した国税庁の案内（No.6498、インボイス特設サイト）に、登録しない場合の罰則の記載はありませんでした。そのため「罰則がある」「ない」のどちらも、このページでは書けません。
令和5年10月1日から令和11年9月30日までの日を含む課税期間中に免税事業者が登録を受けた場合は、登録を受けた日から適格請求書発行事業者になることができます（No.6498）。この期間内なら、課税期間の途中で登録しても、その日から発行事業者です。
国税庁のインボイス特設サイトは、簡易課税制度や2割特例・3割特例を使うことで、受け取ったインボイスを保存しなくても仕入税額控除を受けることができるとしています。取引先がこれらを使っていれば、あなたがインボイスを出さなくても、取引先の控除は影響を受けません。使っているかどうかは取引先に確認が必要です。
公正取引委員会は、インボイス制度の実施に際して、免税事業者と取引先との間の取引条件の見直しで、独占禁止法・取適法・フリーランス・事業者間取引適正化等法上問題となり得る行為の考え方をQ&Aと動画で示しています。条件の変更を求められたときは、応じる前にそれらを確認してください。
※取引先の控除の扱いや、登録するかどうかの判断は、取引の内容によって異なります。税務署または税理士等の専門家にご確認ください。