医療費控除は年末調整でできる？年末調整済みの会社員が確定申告で受ける手順、源泉徴収票の使い方、いつ戻るか

年末調整ではなく確定申告で受ける

年末調整は、勤め先が1年間に源泉徴収した所得税を、納めるべき税額に一致させる手続です。国税庁 No.1900 は、大部分の給与所得者は年末調整によって所得税額が確定し、納税も完了するので、確定申告は必要ないとしています。所得税法190条が年末調整で差し引く控除を列挙しており、医療費控除はその中に入っていません。医療費控除は年末調整では受けられず、自分で確定申告をして受ける控除です。

出典：所得税法第190条（e-Gov法令検索、2026年10月2日確認）、国税庁 No.2662・No.1120・No.2030（令和8年4月1日現在法令等）、「令和7年分 確定申告の手引き」、2026年10月2日確認。

手引きでは、給与所得者の還付申告の対象として、住宅借入金等特別控除に「年末調整で控除を受けている場合を除く」とだけ但し書きがあり、医療費控除には但し書きがありません。下の表のとおり、手引きには、年末調整で住宅ローン控除を受けた人が確定申告をするときの書き方も載っており、年末調整で受けた控除と医療費控除を同じ申告書に入れる前提で書かれています。

年末調整済みの人がやること：源泉徴収票を写す欄

確定申告をするときは、年末調整を受けた給与所得も含めて申告します（確定申告の手引き）。そのため、会社から受け取った源泉徴収票の数字を、申告書に写す必要があります。国税庁の手引きでは、年末調整で済んだ控除の書き方は次のとおりです。

出典：国税庁「令和7年分 確定申告の手引き」の各控除のページ、2026年10月2日確認。令和8年分の様式・手引きは、国税庁が公表したものをご確認ください。源泉徴収票に記載されていない支払い分は、手引きでは「うち年末調整等以外」欄に記入します。

国税庁 No.1120 によると、給与所得の源泉徴収票は、確定申告書への添付や提示は不要ですが、申告書を作成するときには必要です。あわせて、医療費の領収書から「医療費控除の明細書」を作成します。領収書は、確定申告期限等から5年を経過する日までの間、提示または提出を求められる場合があります。医療保険者から受けた医療費通知があれば、添付すると明細書の記載を簡略化できます。明細書の書き方は医療費控除の明細書の書き方、スマホで申告する手順はスマホで確定申告（e-Tax）のやり方にあります。

いくら戻るか（医療費を仮置きした試算）

家族の医療費を30万円（仮置き）支払い、保険金などの補てんはなしとしたときの、年収別の試算です。年末調整が済んでいて、源泉徴収された所得税が年間の所得税と一致している前提で、医療費控除の分だけ戻る額を、tools の医療費控除の計算ツールと同じ計算で出しています。医療費は計算のための仮置きで、実際の額とは異なります。

試算の前提は、東京都・40歳未満・扶養なし、社会保険料は標準的な金額で概算、その他の所得控除は考慮していません。この年収では足切りは10万円なので、どの行も医療費控除の額は200,000円です。年収が上がるほど所得税の税率の区分が上がるため、還付される所得税は増えます（住民税は一律10%のため同額です）。実際の額は、他の控除や源泉徴収額により変わります。

年収500万円なら、還付される所得税は約10,200円で、確定申告の後に還付金として受け取ります。これとは別に、翌年度の住民税が約20,000円減ります。所得税の還付は口座に振り込まれ、住民税の分は納める住民税の額が下がる形です。

医療費が増えるほど、控除額は増えます。年収500万円で、医療費を変えたときです。

医療費が10万円のときは足切りと同額で、医療費控除は0円になり、戻る額も0円です。年収500万円の試算です。年収や家族構成を変えて計算するときは、医療費控除はいくらから｜年収別早見表をお使いください。

いつ戻るか・住民税にも反映される

還付の時期：国税庁のQ&A（Q41）では、2月・3月の確定申告期間中は大量の申告書が提出される時期なので、還付金の支払手続にはおおむね1か月から1か月半程度かかるとしています。自宅や税理士事務所などからe-Taxで提出された還付申告は、3週間程度で処理しているとされています。訂正申告など同一人について複数回の申告がある場合や、書類不備、書面による別送書類の提出がある場合は、e-Taxで提出しても3週間程度の対象外です。

申告できる期間：還付申告は、翌年1月1日から5年間です（No.2030）。2026年中に支払った医療費の分なら、2027年1月1日から提出できます。確定申告の期間（原則3月15日まで）が過ぎても、5年以内なら還付申告ができます。

住民税：地方税法34条1項2号には、住民税にも医療費控除があります。前年中に支払った医療費の合計額（保険金などで補てんされた部分を除く）が、総所得金額等の5%（10万円を超える場合は10万円）を超えるとき、その超える金額（最高200万円）が控除されます。国税庁 No.1155 の注では、所得税の確定申告書は個人住民税の申告書も兼ねているとされています。そのため、医療費控除のための確定申告をすれば、住民税の申告を別にする必要はありません。この控除は前年中の医療費が対象なので、2026年の医療費は2027年度の住民税から反映されます。

よくある質問